En este curso el alumno aprenderá conceptos de diseño y tamizaje de fármacos usando quimioinformatica (ADMET), se revisan conceptos de química orgánica básica para ver grupos funcionales, interacciones no covalentes, campos de fuerza y se hará ejercicio para preparar archivos y correr simulación de docking con autodock y hacer análisis de resultados.

En este diplomado el alumno aprenderá conceptos de estructura de proteínas de 1D-4D, el alumnos manejara conceptos de interacciones ligando-proteína no covalentes, aprenderá a realizar estudios de acoplamiento molecular así como estudios de dinámica molecular de proteínas con ligando, en un entorno de membrana, etc. Es un diplomado de bioinformática estructural teórico-práctico desarrollado de la mano de un profesor-investigador experto con publicaciones científicas Internacionales.

En este diplomado el alumno aprenderá conceptos de estructura de proteínas de 1D-4D, el alumnos manejara conceptos de interacciones ligando-proteína no covalentes, aprenderá a realizar estudios de acoplamiento molecular así como estudios de dinámica molecular de proteínas con ligando, en un entorno de membrana, etc. Es un diplomado de bioinformática estructural teórico-práctico desarrollado de la mano de un profesor-investigador experto con publicaciones científicas Internacionales.

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En este diplomado el alumno aprenderá conceptos de estructura de proteínas de 1D-4D, el alumnos manejara conceptos de interacciones ligando-proteína no covalentes, aprenderá a realizar estudios de acoplamiento molecular así como estudios de dinámica molecular de proteínas con ligando, en un entorno de membrana, etc. Es un diplomado de bioinformática estructural teórico-práctico desarrollado de la mano de un profesor-investigador experto con publicaciones científicas Internacionales.

En este diplomado se verá de forma integral la bioestadística aplicado al campo farmacéutica y de ciencias de la salud, desde estructura de un proyecto experimental con tamaño de la muestra, grupos problema, testigos, etc. Además aprenderás a  organizar la información (datos) para poder comparar entre las poblaciones. Aprenderás a decidir, de acuerdo al diseño del experimento y tamaño de la muestra, el tipo de análisis estadístico que se aplicará. Este diplomado es teórico-práctico, con ejercicios reales. Se usara plataforma virtual www.rcampus.com para trabajar de forma sincrónica, sin embargo, si los alumnos lo consideran, se pueden hacer sesiones sincrónicas con el profesor para aclarar dudas. Todos los ejercicios se realizaran usando los programas: EXCEL, SPSS y graphpad en versiones de prueba académicas.

En este diplomado se verá de forma integral la bioestadística aplicado al campo farmacéutica y de ciencias de la salud, desde estructura de un proyecto experimental con tamaño de la muestra, grupos problema, testigos, etc. Además aprenderás a  organizar la información (datos) para poder comparar entre las poblaciones. Aprenderás a decidir, de acuerdo al diseño del experimento y tamaño de la muestra, el tipo de análisis estadístico que se aplicará. Este diplomado es teórico-práctico, con ejercicios reales. Se usara plataforma virtual www.rcampus.com para trabajar de forma sincrónica, sin embargo, si los alumnos lo consideran, se pueden hacer sesiones sincrónicas con el profesor para aclarar dudas. Todos los ejercicios se realizaran usando los programas: EXCEL, SPSS y graphpad en versiones de prueba académicas.  

Química Cuántica IIA

En este curso, exploraremos los principios y las aplicaciones de la química cuántica moderna utilizando como referencia el libro "Modern Quantum Chemistry" de Attila Szabo. Nuestro objetivo principal es comprender la notación básica, las operaciones matemáticas  y aproximaciones utilizados en la descripción cuántica de los sistemas moleculares, abordando tanto los fundamentos matemáticos como las herramientas computacionales más relevantes en el campo.

Contenidos del curso:

I. Introducción a las matemáticas:

• Álgebra lineal aplicada a la mecánica cuántica.
• Operadores cuánticos.
• Método variacional.

II. Repaso de las soluciones de la ecuación de Schrödinger:

• Aproximación de Born-Oppenheimer y su relevancia en sistemas moleculares.

III. El problema de la función de onda multielectrónica:

• Descripción de los espines orbitales.
• Principio de exclusión de Pauli.
• Determinantes de Slater.

IV. Operadores y elementos de matriz:

• Introducción a la notación matemática.
• Reglas generales y operadores de espín.

V. Aproximación de Hartree-Fock:

• Ecuaciones y soluciones de Hartree-Fock.
• Ecuaciones de Roothaan y su interpretación.

VI. Conjunto de bases poliatómicas:

• Uso de funciones gaussianas contraídas.
• Conjuntos de bases STO-3G y polarizadas.

VII. Cálculos de capa abierta y cerrada Hartree-Fock:

• Diferencias entre cálculos de capa cerrada y abierta.

Actividades complementarias:

Actividad 0: Instalación de programas y visualizadores
En esta actividad, instalaremos las herramientas computacionales necesarias como GAMESS, Avogadro, Gabedit, Macmolplt y Multiwfn.

Actividad 1: Optimización de geometría y cálculo de frecuencias
Aprenderemos los comandos básicos para realizar optimizaciones de geometría, cálculos de frecuencias y análisis conformacional usando métodos y bases diversas.

Práctica Computacional:

Los estudiantes realizarán cálculos utilizando el programa XTB, GAMESS y ORCA para obtener energías, frecuencias vibracionales, potenciales de ionización, análisis de población y momentos dipolares, visualizando los resultados con Avogadro.

¡Espero que disfruten el curso y que les resulte de gran utilidad en su formación académica y profesional!

En este diplomado el alumno aprenderá conceptos de estructura de proteínas de 1D-4D, el alumnos manejara conceptos de interacciones ligando-proteína no covalentes, aprenderá a realizar estudios de acoplamiento molecular así como estudios de dinámica molecular de proteínas con ligando, en un entorno de membrana, etc. Es un diplomado de bioinformática estructural teórico-práctico desarrollado de la mano de un profesor-investigador experto con publicaciones científicas Internacionales.

En este curso el alumno aprenderá a diseñar sus primers o iniciadores, además de revisar conceptos sobre los pesos moleculares en geles así como el manejo de herramientas bioinformáticas para diseño y análisis.

Objetivo: adquirir los conocimientos formativos de la Química Cuántica para comprender el comportamiento de los átomos y moléculas matemáticamente, lo cual permite comprender que hacen las computadoras para estudiar las moléculas con las distintas herramientas computacionales.

En este curso aprenderás a visualizar proteínas en estructura primaria (secuencias) y en tercera dimensión para análisis de alineamiento múltiple, análisis de datos estructurales así como su aplicación en acoplamiento molecular (docking) usando herramientas computacionales gratuitas en los tres principales sistemas operativos. Todo esto mediante UCSFChimera.

La mayoría de estudiantes e investigadores presentan dificultades al momento de elegir y aplicar el método estadístico para su investigación, de manera que los resultados obtenidos no responden a los objetivos establecidos. El presente diplomado desarrolla de forma asincrónica la recolección, organización, elaboración de hipótesis y pruebas estadísticas con el programa Rstudio e interpretación adecuada. El desarrollo del curso se da a través de ejemplos directos en posibles investigaciones o similares a realizar

Las aplicaciones de la biotecnología moderna se fundamentan en gran medida en conocer las bases de las ciencias ómicas, tales como genómica, transcriptómica, y proteómica. Todo ello ha sido posible por la comprensión y optimización de dichos conocimientos, de los cuales se puede destacar el estudio de la genética de los plásmidos.

Los estudios de relaciones Cuantitativas Estructura - Actividad (QSAR) tienen como objetivo la búsqueda de correlaciones entre descriptores moleculares y actividades químicas o biológicas para la predicción de las mismas en compuestos desconocidos. Un modelo validado supera el vínculo casuístico entre descriptores y actividades, y se convierte en una herramienta predictiva.

Objetivos:

- Conocer los fundamentos técnicos y científicos de un estudio QSAR.

- Conocer aspectos regulatorios de las metodologías QSAR

La mayoría de estudiantes e investigadores presentan dificultades al momento de elegir y aplicar el método estadístico para su investigación, de manera que los resultados obtenidos no responden a los objetivos establecidos. El presente curso asincrónico pretende guiar en la elaboración de hipótesis y objetivos a partir de métodos multivariados así como su manejo estadístico con el programa Rstudio e interpretación adecuada. El desarrollo del curso se da a través de ejemplos directos en posibles investigaciones o similares a realizar.

Este curso te permitirá aprender conceptos de bioinformática estructural (proteínas) para poder hacer práctica en servidores online. De esta manera serás capaz de hacer un estudios de docking proteína-proteína de forma teórica y práctica, todo esto desde tu computadora. Además aprenderás a describir las interacciones no covalente de reconocimiento proteína-proteína.   

Este curso (módulo 1) brinda una formación integral desde las bases computacionales hasta el análisis avanzado de datos biológicos, ideal para estudiantes e investigadores en áreas biológicas, biomédicas y biotecnológicas. Aprenderás el manejo básico de sistemas operativos Linux, fundamentos de programación en Perl, análisis de secuencias, herramientas OMICS, quimioinformática y bioestadística aplicada. Se recomienda contar con conocimientos básicos en biología molecular y manejo funcional de computadora (uso de archivos, navegación de carpetas y comprensión básica de comandos). La modalidad es práctica, flexible y enfocada en problemas reales. Al finalizar, podrás desarrollar un proyecto de alineamiento y construcción de árboles filogenéticos con proteínas reales. Este aprendizaje te preparará para aplicar la bioinformática en investigación académica, desarrollo biotecnológico, salud, farmacogenómica y exploración de bases de datos moleculares. 

En este curso de R aprenderás a instalar y manejar los comandos básicos de programación en R, no te pierdas este interesante e importante curso, muy útil hoy en día para manejo masivo de datos, es una herramienta gratuita de programación con gran uso potencial en bioestadística, bioinformática de secuencias, bioinformática estructural, datos de omics (metabolómica, lipidómica, proteómica etc), big data etc.  

Métodos de Estructura Electrónica

Descripción del curso:

Este curso ofrece una comprensión profunda de la estructura electrónica tanto a nivel atómico como molecular. Los estudiantes aprenderán los fundamentos de los métodos aproximados utilizados en química computacional y cómo aplicarlos para realizar cálculos computacionales. Al finalizar el curso, los participantes serán capaces de:

• Determinar geometrías óptimas de moléculas y complejos atómicos.
• Calcular energías electrónicas con precisión.
• Evaluar y predecir propiedades moleculares esenciales.

Objetivos del curso:

1. Comprender la estructura electrónica:

   • Fundamentos de la teoría de la estructura electrónica.
   • Diferenciación entre estructuras atómicas y moleculares.

2. Métodos aproximados en química computacional:

   • Introducción a los métodos de Hartree-Fock y DFT (Teoría del Funcional de la Densidad).

3. Cálculos computacionales:

   • Uso de software especializado para realizar cálculos de química computacional gratuito.
   • Determinación de geometrías moleculares óptimas.
   • Cálculo de energías electrónicas.

4. Propiedades moleculares:

   • Predicción y análisis de propiedades físicas y químicas.
   • Interpretación de resultados computacionales para aplicaciones prácticas.

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